История игры разворачивается в 2037 году, в городе Сибуя. Японская социальная жизнь сильно изменилась с приходом AR-технологии «LayereD», которая позволяет визуализировать Интернет-действительность в реальный мир.
События разворачиваются вокруг двух парней, которые зарабатывают на жизнь тем, что побеждают на игровых турнирах, взламывая онлайн игры. Когда они получили доступ к совершенно новой игре с возможностью полного погружения, то тут же решили, что награда в соревновании достанется им. Однако они даже представить не могли к чему всё это приведёт...
Тринадцать лет назад часть Токио отделилась и поднялась в небо. Парящая часть города получила название «Старый Токио», а земная — «Новый Токио». Наладить сообщения между образовавшимися городами было невозможно. Через несколько лет одна девушка случайно узнаёт о скором падении Старого Токио на землю. Чтобы спасти земных жителей, она отправляется в опасное путешествие до Нового Токио.